Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej przeszedł na pracę trenerską. Od stycznia 2010 trenuje drugą drużynę Metałurha DonieckСергей Шищенко переходит на тренерскую работу ᐉ UA-Футбол. . Po rozwiązaniu Metałurha latem 2015 przeniósł się do Stali Dnieprodzierżyńsk, w której pracował jako asystent trenera. 30 czerwca 2016 został mianowany na stanowisko głównego trenera Bukowyny CzerniowceОфіційно. Шищенко - головний тренер Буковини ᐉ UA-Футбол. , z którą pracował do 28 grudnia 2016 rokuБуковина залишилася без президента і головного тренера ᐉ UA-Футбол. . 30 grudnia 2016 stał na czele juniorskiej drużyny U-19 Szachtara DonieckШищенко очолив Шахтар U-19 - ЗМІ ᐉ UA-Футбол. . 6 grudnia 2018 został zaproszony do kierowania MFK MikołajówСергій Шищенко - новий головний тренер МФК Миколаїв ᐉ UA-Футбол. . 13 października 2019 został zwolniony z zajmowanego stanowiskaМиколаїв звільнив Шищенка з поста головного тренера ᐉ UA-Футбол. .