Do 2002 Synod alternatywny cieszył się poparciem bułgarskich partii demokratycznych, natomiast zwolennikami patriarchy Maksyma byli postkomuniści. Po tym roku Synod zaczął zdecydowanie tracić wpływy, obecnie identyfikuje się z nim bliżej nieokreślona mniejszość prawosławnych BułgarówWerdykt na korzyść rozłamowej Cerkwi. W 2004 władze Bułgarii, powołując się na niemożliwość działania w jednym państwie dwóch struktur religijnych o tej samej nazwie, siłą odebrała Synodowi alternatywnemu wszystkie przejęte przezeń wcześniej budynki sakralne.
22 stycznia 2009 Europejski Trybunał Praw Człowieka nakazał wycofanie tej decyzji. Patriarcha Maksym zadeklarował jednak, iż nie wykona wyroku i zyskał poparcie premiera krajuDeklaracja bułgarskiego premiera oraz innych kanonicznych Kościołów prawosławnychOświadczenie po spotkaniu w Bułgarii. Od marca 2009 prowadzone są negocjacje między Bułgarskim Kościołem Prawosławnym a Synodem alternatywnym, które mają na celu likwidację rozłamuBułgaria: powołano negocjatora.
W 2012 zwierzchnik Kościoła, metropolita Innocenty