Dowództwa techniczne: Dowództwo Systemów Morskich (Naval Sea Systems Command – NAVSEA) Dowództwo Systemów Powietrznych (Naval Air Systems Command – NAVAIR) Dowództwo Systemów Wojny Kosmicznej i Morskiej (Space and Naval Warfare Systems Command – SPAWAR) Dowództwo Inżynieryjne Zaplecza Marynarki (Naval Facilities Engineering Command – NAVFAC) Dowództwo Systemów Zaopatrzenia Marynarki (Naval Supply Systems Command – NAVSUP) Inne dowództwa: Dowództwo Logistyki (The Military Sealift Command) – MSC, Waszyngton, DC, USA Dowództwo Edukacji i Wyszkolenia (Naval Education and Training) – CNET, Pensacola, Floryda, USA Dowództwo Budownictwa Morskiego (Naval Construction Force – NCF), Norfolk, Wirginia, USA Dowództwo Rezerwy Marynarki Wojennej (Naval Reserve Force), Norfolk, Wirginia, USA
Organizacja operacyjna Związki operacyjne marynarki wojennej i piechoty morskiej – podobnie jak związki armii i sił powietrznych – podlegają jednolitym dowództwom (Unified Commands). Większość sił floty przydzielona jest dowódcom komponentów morskich US Navy. Poniżej przedstawiono podstawową strukturę dowodzeniaNorman Polmar: The Naval Institute Guide to the Ships and Aircraft of the U.S. Fleet (18th ed), s.