Dowództwo W celu wypełniania powierzonych zadań, marynarka podlega podwójnej strukturze dowodzenia składającej się z (1) administracyjnej struktury dowodzenia biorącej początek od sekretarza marynarki (United States Secretary of the Navy - SECNAV) oraz szefa operacji morskich (Chief of Naval Operations - CNO), oraz (2) operacyjnej struktury dowodzenia zaczynającej się głównodowodzących poszczególnych struktur operacyjnych.
Administracyjna struktura dowodzenia zapewnia instytucjonalną cywilną kontrolę nad flotą oraz równoważy interesy poszczególnych rodzajów sił zbrojnych, umożliwiające też wspieranie floty w operacjach bojowych bez ingerencji w kierowanie operacyjne. Operacyjna struktura dowodzenia oddziela dowódców poszczególnych flot oraz zespołów zadaniowych (task forces) od administracji i spraw związanych z zaopatrzeniem, które mogłyby przeszkadzać w wykonywaniu głównych zadań.