Od stycznia 1939 faktyczny szef II oddziału SG. Za sprawą A-54 poznał niemieckie plany wkroczenia do okrojonej Czechosłowacji. Dzięki kontaktom z wywiadem brytyjskim w Pradze 14 marca 1939 roku – tuż przed wkroczeniem wojsk niemieckich – na pokładzie wyczarterowanego samolotu Moravec z 10 najbliższymi współpracownikami bez rodzin ewakuował do Wielkiej Brytanii, zabierając ze sobą najcenniejsze archiwa wywiadu czechosłowackiego. W czasie II wojny światowej bliski współpracownik Edvarda Benesza i szef wywiadu wojskowego emigracyjnych władz czechosłowackich.
Z zagranicy utrzymywał kontakty z grupami oporu w kraju, m.in. trzema królami. Odegrał ważną rolę w planowaniu zamachu na Reinharda Heydricha w Czechosłowacji. Za zasługi dla alianckiego wywiadu w II wojnie światowej został odznaczony amerykańską Legią Zasługi oraz Orderem Imperium Brytyjskiego.
Po wojnie powrócił do Czechosłowacji, obejmując dowództwo 14 Dywizji Piechoty w Mladá Boleslav. Po przewrocie komunistycznym w lutym 1948 uciekł z kraju do Niemiec. Do 1954 żył w Niemczech prowadząc działalność przeciw rządom komunistycznym w kraju we współpracy ze służbami amerykańskimi.