Wojna trwała z krótkimi przerwami przez kolejne cztery lata.
Kieft utrzymywał kontakty handlowe z Indianami z potężnego plemienia Mohawków. Mohawkowie usiłowali podporządkować sobie plemię Wappingerów. Wappingerowie wycofali się w okolicę Nowego Amsterdamu prosząc Kiefta o pomoc. Kieft nie tylko odmówił pomocy, ale skierował przeciw Wappingerom oddziały Mohawków i własne siły. W nocy z 25 na 26 lutego 1643 roku doszło do krwawej rzezi, podczas której wymordowano Wappingerów nie oszczędzając kobiet i dzieci. Głowy osiemdziesięciu zabitych przywieziono do Nowego Amsterdamu, gdzie koloniści grali nimi w piłkę. Około trzydziestu jeńców zamordowano w mękach.
Stan ciągłej wojny z Indianami i związane z tym trudności gospodarcze spowodowały wśród kolonistów wzrost nastrojów niechęci do gubernatora i jego polityki. Kieft w odpowiedzi wprowadził zakaz zgromadzeń publicznych, a wcześniej jeszcze (w 1642 roku) rozwiązał radę administracyjną. Dalsze niepowodzenia w walkach z Indianami spowodowały w końcu jego upadek. W 1645 roku władze Holenderskie odwołały go ze stanowiska gubernatora. Nowym gubernatorem został Peter Stuyvesant. W sierpniu 1647 roku Kieft wyruszył w drogę powrotną do Holandii.