Rysunki kompleksów aktywnych nie zawsze jednak odzwierciedlają konfigurację o najwyższej energii. Czasami, dla zilustrowania przebiegu reakcji przedstawia się za ich pomocą hipotetyczne konfiguracje tuż przed lub tuż po osiągnięciu stanu przejściowego.
Kompleksów aktywnych nie należy mylić z rzeczywistymi produktami przejściowymi reakcji.
Podstawy teoretyczne thumb|350px|Wykres energetyczny reakcji syntezy metanolu z bromometanu, ΔG‡ – bariera potencjału reakcji Zderzenie pomiędzy dwoma (w rzadszych przypadkach trzema) cząsteczkami substratów może prowadzić do uformowania cząsteczki produktu. Kluczową rolę odgrywają wzajemne ustawienie zderzających się cząsteczek oraz ich energie kinetyczne. Nawet jeżeli w wyniku kolizji dojdzie do uformowania się kompleksu aktywnego, to nie oznacza, że w jego wyniku zajdzie rearanżacja wiązań chemicznych i uformowanie produktu – powstały kompleks może rozpaść się do substratówAtkins P.W (2001). Chemia fizyczna (wyd.1). Wydaw. Naukowe PWN, ..
W terminach chemii kwantowej stan przejściowy jest punktem znajdującym się w globalnym maksimum hiperpowierzchni energii swobodnej Gibbsa.