Główną wadą systemu bazującego na strukturze są problemy ze słownym opisem tych wzorów. Dlatego też zaistniała potrzeba opracowania uniwersalnej nomenklatury, pozwalającej na nazwanie każdego hipotetycznego związku organicznego, niezależnie od stopnie skomplikowania jego cząsteczki. Historycznie pierwszym systemem nazewnictwa była Nomenklatura Genewska powstała po serii spotkań chemików organicznych w 1892 roku
Ponieważ w pierwszej połowie XX wieku znacznie wzrosła różnorodność otrzymywanych substancji to uświadomiono sobie, że konieczna jest modyfikacja systemu nazewnictwa. Zadania tego podjęła się Międzynarodowa Unia Chemii Czystej i Stosowanej IUPAC. Z powodu różnorodności związków organicznych (zwłaszcza produktów naturalnych) w ramach IUPAC powołano specjalną jednostkę nazwaną Międzynarodową Unią Biochemii i Biologii Molekularnej, IUBMB w celu zajęcia się tym problemem. W połowie XX wieku IUPAC zaczęła rekomendować bardziej uproszczone nazewnictwo. W 1951 cykliczna struktura benzenu została zaklasyfikowana jako cyklofan. Następne zalecenia rozszerzyły ten trend w kierunku innych złożonych systemów cyklicznych (także dla związków heterocyklicznych by nazywać takie połączenia fanami
Węglowodory i grupy funkcyjne thumb|Rodzina kwasów karboksylowych posiada grupę karboksylową (-COOH). Przedstawiony na rysunku Kwas octowy jest tylko przykładem.