thumb|Kaplica Suzinowa z pocz. XVIII w. W 1708 na terenie dawnego cmentarza przykościelnego od strony ulicy Trockiej Michał Suzin zbudował barokową (zachowaną do dzisiaj) kaplicę cmentarną ku czci franciszkanów i miejscowej ludności, wymordowanych przez Kozaków podczas oblężenia Wilna przez Rosjan w 1655. Niewielka, masywna kapliczka została zaprojektowana na planie krzyża łacińskiego. Na jego dłuższym końcu znajduje się niewielka, barokowa fasada, natomiast ramiona i wezgłowie są zakończone trzema półkolistymi absydami. W 1932 obok kaplicy wzniesiono pomnik Józefa Montwiłła – polskiego bankiera, działacza społecznego i filantropa; autorem rzeźby był Bolesław Bałzukiewicz.
W latach 1737 i 1748 kościół franciszkański zniszczyły kolejne pożary. Został po nich w 1780 odbudowany już jako kościół barokowy według projektu Kazimierza Kamieńskiego. Gotyckie ostrołukowe okna zostały zamurowane, a nawę główną podwyższono – kościół stał się ponownie bazyliką. Gotyckie sklepienie zmieniono na kolebkowe. Górne partie fasady zostały oblicowane porządkiem toskańskim. Okna i gzymsy uzyskały lekko falującą formę. Ściany wewnątrz otynkowano i ozdobiono w stylu rokoko.