Po otrzymaniu wezwania na roboty w Rzeszy wróciła do Krakowa i wystarała się o stałą posadę w Ogrodzie Botanicznym, co pozwoliło jej uzyskać zwolnienie z obowiązku wyjazdu; od maja 1940 aż do stycznia 1945 pracowała w krakowskim Ogrodzie Botanicznym (ówcześnie pod niemiecką nazwą Botanische Anstalten, Krakau), początkowo w charakterze robotnika fizycznego, potem pracownika biurowego. Zajmowała się m.in. zbiorami roślin naczyniowych w zielniku. Należała do grona osób zasłużonych dla ratowania Ogrodu Botanicznego przed dewastacją w czasie wojny.
1 kwietnia 1945 podjęła pracę naukową na Uniwersytecie Jagiellońskim; do końca tegoż roku pracowała jako młodszy asystent-wolontariusz w Ogrodzie Botanicznym oraz asystent bezpłatny w Katedrze Botaniki. 21 grudnia 1945 uzyskała dyplom magistra filozofii w zakresie botaniki, na podstawie pracy O polskich gatunkach koniczyny Trifolium L., przygotowywanej pod kierunkiem profesora Władysława Szafera już od roku akademickiego 1936/1937. 1 lutego 1946 została młodszym asystentem w Ogrodzie Botanicznym, 1 sierpnia tegoż roku przeszła na etat starszego asystenta.