Tymczasem już od 10 lipca Niemcy stopniowo „opróżniali” więzienie na Zamku Lubelskim. Więźniów zabierano z cel, pozbawiano ubrań, po czym wywożono na śmierć do pobliskiego obozu koncentracyjnego na Majdanku. Skazańców rozstrzeliwano na terenie obozu lub w drodze na Majdanek mordowano w ruchomych komorach gazowych. Między 10 a 18 lipca zamordowano w ten sposób co najmniej 350 więźniów. Ofiary były wybierane na podstawie list sporządzonych przez lubelskie Gestapo. Po wyzwoleniu miasta w więziennych archiwach odnaleziono 27 wykazów sporządzonych w okresie od 19 do 21 lipca 1944. Zawierały one nazwiska 539 więźniów i precyzowały, jaki los powinien ich spotkać, gdyby ewakuacja więzienia okazała się konieczna. W myśl owych wytycznych 67 więźniów miało zostać straconych, 351 wywiezionych na Majdanek, 60 przekazanych do osądzenia przez policyjny sąd doraźny, a 61 zwolnionych. Mimo przeprowadzanych nieustannie egzekucji i wywózek stan osobowy więzienia pozostawał nadal wysoki, gdyż wobec zbliżania się wojsk sowieckich Niemcy nasilili aresztowania i łapanki na terenie Lublina oraz pozostałych miast dystryktu lubelskiego. Tylko 19 lipca przywieziono na Zamek 93 aresztantów z Chełma, 22 aresztantów z Puław oraz 104 osoby zatrzymane w różnych miejscowościach Zamojszczyzny.