Od 1989 r. ponownie w MSZ – jako doradca w gabinecie ministra, a następnie jako wicedyrektor Departamentu Instytucji Europejskich (w tym charakterze uczestniczył przez pewien czas w rokowaniach układu stowarzyszeniowego Polski ze Wspólnotami Europejskimi). Uczestniczył w misjach obserwacyjnych ONZ w Namibii (1989) i Nikaragui (1990). W latach 1991–1996 był radcą-ministrem, a następnie chargé d’affaires ambasady RP w Dublinie.
Po powrocie do Polski objął stanowisko dyrektora generalnego MSZ (17 września 1996 – 31 grudnia 1996) i następnie wiceministra spraw zagranicznych (4 kwietnia 1997 – 31 grudnia 1997). W latach 1998–2002 był stałym przedstawicielem (ambasadorem) RP przy Organizacji Narodów Zjednoczonych do spraw Wyżywienia i Rolnictwa (FAO) oraz przy Światowym Programie Żywnościowym (WFP) w Rzymie.
W kwietniu 2002 został ambasadorem RP przy Wspólnotach Europejskich, a z chwilą zawarcia traktatu akcesyjnego pierwszym stałym przedstawicielem (ambasadorem) RP przy Unii Europejskiej. Funkcję tę pełnił do 31 sierpnia 2006.