W czasie I wojny światowej w cerkwi nie były odprawiane nabożeństwa – jej dotychczasowy proboszcz ks. Nikołaj Kuźminski został wcielony do armii rosyjskiej. Dopiero w lutym 1923, z polecenia arcybiskupa wileńskiego i litewskiego Eleuteriusza do miasteczka przyjechał ks. Aleksandr Newecki i cerkiew ponownie stała się czynna. 5 września 1927 miasteczko, a także cerkiew, odwiedził prezydent Litwy Antanas Smetona. Był on bliskim znajomym ówczesnego proboszcza parafii, byłego oficera armii carskiej ks. Iwana Gandurina; kilkakrotnie odwiedzał cerkiew i ufundował dla niej kilka elementów wyposażenia, w tym używany do dziś perski dywan.
W czasie II wojny światowej cerkiew ponownie została zamknięta. Jako siedziba parafii została zarejestrowana w 1947, jednak już w 1954, po przeniesieniu proboszcza do pracy w soborze w Kownie, cerkiew obsługiwał wyłącznie kler z cerkwi w Jewiach, odprawiając nabożeństwa jedynie w ważniejsze święta – sytuacja ta utrzymuje się do dziś, parafia w Siemieliszkach została formalnie zlikwidowana. W latach 60. i 70. XX wieku obiekt był remontowany.