Wcześniej, w związku z buntem Żeligowskiego i włączeniem Wileńszczyzny w granice II Rzeczypospolitej, 16 września 1921 zdecydowano o formalnym przeniesieniu katedry eparchii wileńskiej i litewskiej do Kowna. Cerkiew Zmartwychwstania Pańskiego, mimo niewielkich rozmiarów, została ogłoszona nowym soborem eparchialnym. W maju 1930 zdecydowano o powiększeniu obiektu, jednak komisja odpowiedzialna za prace ostatecznie nie przeznaczyła do realizacji żadnego z przedłożonych projektów. Zamiast tego w bezpośrednim sąsiedztwie wybudowano w latach 1932–1935 sobór Zwiastowania, który natychmiast stał się katedrą eparchii wileńskiej i litewskiej. Od tego momentu w cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego odbywały się jedynie nabożeństwa w ważniejsze święta.
W 1947 władze radzieckie zarejestrowały cerkiew jako czynną, jednak nie była ona siedzibą parafii, pozostawała obiektem pomocniczym wobec znajdującego się w bezpośrednim sąsiedztwie soboru Zwiastowania. W latach 1957–1958 została gruntownie odremontowana, jednak w cztery lata później władze zażądały jej zamknięcia, twierdząc, że budynek soboru wystarcza potrzebom parafii. W cerkwi Zmartwychwstania urządzono archiwum. Budynek został zwrócony eparchii wileńskiej i litewskiej w 2000, po remoncie.