Nuncjusz papieski zabiegał u władz miasta o przekazanie zakonnikom kościoła Matki Boskiej Śnieżnej, ale te nie wyraziły zgody. Podobnie postąpiła kuria metropolitalna. Zakonnicy odwołali się do króla i dopiero jego interwencja przyniosła zmianę decyzji władz świeckich i duchownych.
W listopadzie 1685 arcybiskup lwowski Konstanty Samuel Lipski wyraził zgodę na powstanie placówki trynitarzy. W 1686 zakonnicy weszli w posiadanie parceli Melechowskiej w pobliżu Bramy Krakowskiej i przystąpili do budowy tymczasowej, drewnianej kaplicy. W czerwcu odprawił w niej msze św. nuncjusz papieski Pallavicini. W 1690 sejm zatwierdził akt fundacji dokonanej przez Józefa i Annę Wielhorskich, wojewodów wołyńskich. Do zakończenia dzieła przyczynił się ich syn, trynitarz, ojciec Antoni od św. Jana Chrzciciela (zm. 1729). Był on czterokrotnym przełożonym domu zakonnego. W 1697 trynitarze w czasie konfederacji żołnierskiej wsparli materialnie miasto w uiszczeniu kontrybucji. Wtedy też i władze miasta zmieniły swój stosunek do fundacji trynitarzy, którzy mogli przystąpić do budowy swojego pierwszego na ziemiach Rzeczypospolitej kościoła.