Baskijski szkoleniowiec ma za sobą 15-letnie doświadczenie w pracy z zespołami we wszystkich kategoriach. W latach 1993–1996 objął posadę w Numancii. Później pracował kolejno w takich klubach jak: Badajoz, ponownie Numancia, CA Osasuna, Celta Vigo i RCD Espanyol. W sezonie 1998–99 wywalczył z Numancią awans do Primera Division, a niedługo później to samo uczyni w klubie z Pampeluny. Lata 2002–2004 to okres, w którym prowadził Celtę Vigo. Lotina z galicyjskim zespołem awansował do fazy grupowej Ligi Mistrzów. Grał m.in. z Ajaxem Amsterdam czy Manchesterem United. Od 2004 do 2006 pracował jako trener Espanyolu, gdzie również dał się zapamiętać kibicom z Olympic de Montjuic. W ostatnim sezonie pracy zdobył Puchar Króla. Po sezonie otrzymał propozycję z Realu Sociedad, gdzie miał zastąpić Bakero. Pomimo iż miał w swoim składzie takich piłkarzy jak Savio, Jesuli, Herrera czy Victor Lopez, nie potrafił uzyskiwać godnych wyników i drużyna po raz pierwszy od 40 lat pożegnała się z najwyższa klasą rozgrywkową. W 2007 roku objął posadę w Deportivo La Coruña.