Budowa systemu oraz zasada działania MOSIX to zbiór narzędzi oraz łatka (patch) na jądro systemu Linux. Odpowiednio poprawione i skompilowane jądro systemu oraz usługa (daemon) odpowiadają za zarządzanie procesami, natomiast zestaw narzędzi pozwala na monitorowanie oraz zarządzanie systemem MOSIX. Łatka na jądro została zaimplementowana jako warstwa wirtualizacji, co pozwala użytkownikowi i aplikacjom widzieć klaster jako Jednolity Obraz Systemu (SSI).
W systemie MOSIX zastosowano nieco inne podejście do rozdzielania zadań. Zamiast rozdzielać zadania (job), MOSIX rozdziela procesy, co znacznie ułatwia, zarówno użytkownikowi jak i programiście, korzystanie z systemu rozproszonego. Największą zaletą takiego rozwiązania jest fakt, że aby skorzystać z możliwości wykonania równoległego danego programu nie trzeba go nawet ponownie kompilować.
Ostatnia wersja MOSIX jest kompatybilna z jądrem w wersji 3.14 i jest nazwana MOSIX-3.