W 1863 w ramach polityki rusyfikacji i niszczenia struktur Kościoła katolickiego po stłumionym powstaniu styczniowym władze rosyjskie skonfiskowały zespół kościelno-klasztorny i w 1864 urządziły w nim prawosławny monaster św. Marii Magdaleny. Wspólnotę monastyczną sformowały zakonnice z monasteru św. Aleksego w Moskwie. Kościół przebudowano na cerkiew św. Marii Magdaleny, zmieniając architekturę na styl rosyjsko-bizantyjski: odmienny kształt uzyskała kopuła kościelna, dobudowano drugą wieżę; pierwsza utraciła hełm z sercem z brązu na szczycie. Zmieniono też wystrój wnętrza świątyni, dostosowując je do wymogów liturgii prawosławnej.
W 1919, po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, siostry wizytki powróciły od Wilna i do swego kościoła, który poddany został renowacji. Wznowiły również działalność szkoły dla panien szlachetnie urodzonych.
Po II wojnie światowej władze komunistyczne zamknęły kościół i urządziły w nim więzienie.
Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości kościół nadal służył jako więzienie (do 2007 roku).
W 2018 rząd litewski przekazał Kościołowi wszystkie budynki na terenie zespołu kościelno-klasztornego przy ul. Rasų w Wilnie.