Po wybuchu II wojny światowej w 1939, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę został wzięty do niewoli sowieckiej. Przebywał w więzieniu w Moskwie, po czym 11 kwietnia 1940 trafił do obozu jenieckiego w Kozielsku (według innej wersji on i inny prawosławny kapelan ks. Wiktor Romanowski byli więzieni w Starobielsku). 28 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 052/4 z 27 z kwietnia 1940. 30 kwietnia 1940 zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców w 1943 pod numerem 2713Kronika Wojska Polskiego 1939 podaje numer 2743, mimo że w „Amtliches Material zum Massenmord von Katyn“ na str. 239 widnieje Czarnecki Feliks. – dosłownie określony jako Fezazonko Szymon (raport dzienny z 22 maja 1943). Przy jego szczątkach w mundurze znaleziono kwit na odebrane rzeczy.