Poniekąd dzięki nauce Severusa na temat Eliksiru Wielosokowego na lekcjach eliksirów, jak również nauce zaklęcia Expelliarmus w czasie działania Klubu Pojedynków – Harry Potter pokonał Lockharta i uratował Ginny Weasley przed Tomem Marvolo Riddle w Komnacie Tajemnic.
Trzeci tom Warzył dla Remusa Lupin wywar tojadowy, który pozwalał mu kontrolować siebie podczas przemiany w wilkołaka. W tym samym czasie podejrzewał Remusa o sprzyjanie zbiegowi oraz przyjacielowi z lat szkolnych, Syriuszowi Blackowi. W końcu nakrył ich jak obaj spiskują we Wrzeszczącej Chacie i próbował zaprowadzić obydwu przed oblicze dementorów, ale został oszołomiony przez Pottera. Syriusz uciekł, a Severus zemścił się i wyjawił na głos, że nowy nauczyciel jest wilkołakiem.
Czwarty tom Nowy nauczyciel obrony przed czarną magią, Bartemiusz Crouch Junior, pod powłoką uwięzionego przez siebie Alastora Moody’ego powrócił do Hogwartu. Wrzucił kartkę z imieniem „Harry Potter” do Czary Ognia, wyłaniającej uczestników Turnieju Trójmagicznego. Snape wierzył, że Potter zrobił to sam. Natomiast Crouch/Moody oskarżał Severusa jako dawnego śmierciożercę lub Karkarowa o niecne posunięcia. Na początku roku przeszukiwał jego biuro twierdząc, że to „przywilej Aurora” i że Dumbledore wspomniał o nim. Snape był oburzony oskarżeniami Moody’ego, ale nic nie mógł zrobić.