Etymologia thumb|upright|„Great Auk, Northern Penguin, or Gair-Fowl”, drzeworyt autorstwa Thomasa Bewicka w A History of British Birds, 1804 (Bewick stwierdził: „Ten gatunek nigdzie nie jest liczny: zamieszkuje Norwegię, Islandię, Wyspy Owcze, Grenlandię i inne zimne regiony północy, jednak rzadko widywany jest u brytyjskich wybrzeży”) Alka olbrzymia była jednym z 4,4 tys. gatunków opisanych formalnie przez Karola Linneusza w jego XVIII-wiecznym dziele Systema Naturae, w którym otrzymała nazwę Alca impennis. Nazwa Alca jest łacińskim słowem pochodzącym od skandynawskiego określenia na alki zwyczajne i spokrewnione gatunki. Już wcześniej alki olbrzymie pojawiały się w literaturze, a Charles de L’Écluse w 1605 opisał ją pod nazwą Mergus Americanus. Przedstawił również drzeworyt będący najstarszym jednoznacznym przedstawieniem tego gatunku.
W 1791 po raz pierwszy umieszczono alkę olbrzymią we własnym rodzaju Pinguinus. Nazwa rodzajowa wywodzi się od hiszpańskiej i portugalskiej nazwy tego ptaka, która z kolei pochodzi od łacińskiego pinguis – „tłusty”, zaś epitet gatunkowy impennis pochodzi z łaciny i odnosi się do braku lotek lub pennae.