Po wygnaniu Alfonsa, Sancho pokonał najmłodszego z braci, Garcię, zajmując królestwo Galicii. Alfons z pomocą muzułmanów zajął Zamorrę, gdzie rezydowała królewska siostra Urraka. Udał się tam Sancho i obległ miasto. Podczas oblężenia, w niewyjaśnionych do końca okolicznościach, w październiku 1072 Sancho II został zamordowany. O przygotowanie zamachu powszechnie oskarżano Urrakę, a także Alfonsa, który po śmierci Sancha II przejął władzę w Kastylii i Leonie. Alfonsowi udało się zająć także królestwo Galicii, którą nieskutecznie próbował odzyskać Garcia. W 1073 Garcia, zwabiony przez Alfonsa, wrócił do Galicii, ale wnet dostał się do niewoli Alfonsa, w której przebywał resztę życia, aż do swej śmierci w 1090.
Po śmierci braci Alfons został niekwestionowanym władcą trzech królestw, które na powrót zjednoczył: Leonu, Kastylii i Galicii.
Władając tak rozległym obszarem Alfons postanowił umocnić swą pozycję pośród innych chrześcijańskich władców półwyspu Pirenejskiego. W 1076 Alfons najechał ziemie królestwa Nawarry, zajęte naonczas przez króla Aragonii Sancho I Ramireza, który zajął Nawarrę po zabójstwie tamtejszego króla Sancho IV.