Po dymisji antykomunistycznych ministrów w lutym 1948 ugrupowanie próbowało oczyścić się z komunistycznym wpływów, wykluczając z szeregów m.in. Plojhara i Petra, jednak walkę o niezależność ostatecznie przegrało. Dwóch przywódców ČSL, Jan Šrámek i František Hála, zostało uwięzionych. W 1948 za granicę uciekło 10 z 46 posłów ČSL, 12 uwięziono (4 z nich zostało skazanych na karę śmierci: Stanislav Broj, Rostislav Sochorec, Jan Plesl, Alois Janáček), a 13 pozbawiono mandatów.
Po zglajchszaltowaniu antykomunistycznej opozycji i powstaniu Frontu Narodowego na czele partii stanęli komuniści: Alois Petr i ks. Josef Plojhar, którzy pełnili swoje obowiązki do Praskiej Wiosny w 1968. W 1989 na przewodniczącego ugrupowania wybrano Josefa Bartončíka. W 1989 partia zanotowała przyrost członków: od zimy 1988/1989 do marca 1989 ich liczba zwiększyła się z 40 tys. do 90 tys. (do partii wstępowały nowe osoby oraz wykluczone z niej po 1948)(red. Petr Fiala i inni), Český politický katolicismus 1848–2005, Cetrum pro studium demokracie a kultury, Brno 2008, (s. 449).