Ich treść ikonograficzna oddaje program kościoła potrydenckiego.
Zwracają uwagę dawny ołtarz główny wykonany w stylu renesansu niderlandzkiego z roku 1605 i obecny główny, najpełniejsze dzieło barokowe na Pomorzu (1688).
Obrazy w ołtarzach, prezbiterium i nawie głównej są dziełem XVII-wiecznych malarzy gdańskich: Hermana Hana (1574–1628), Adolfa Boya (1612–1680), Andrzeja Stecha (1635–1697) i Andreasa Schlütera (1660–1714).
Wystrój uzupełniają rokokowe kaplice św. Jana Nepomucena i św. Krzyża, ambona, płyty nagrobne, epitafia, grobowiec książąt pomorskich, nagrobek rodziny Kosów, krypta biskupia, zabytkowe żyrandole, baldachimy, cenny kultowo i artystycznie feretron przedstawiający Matkę Bożą z Dzieciątkiem, noszony na pielgrzymkach do Kalwarii Wejherowskiej oraz wiele innych zabytków kościoła i byłego klasztoru cystersów. Począwszy od 8 grudnia 2006 roku Matka Boża Oliwska została ogłoszona jako patronka modlitwy Różańca RodzicówRóżaniec Rodziców..
W archikatedrze odbywają się koncerty organowe, a w zabudowaniach byłego klasztoru (obecnie Gdańskie Seminarium Duchowne) można oglądać zbiory muzeum diecezjalnego.