partię musieli wówczas opuścić Hermes i Schreiber. Kierownictwo nad ugrupowaniem przejęli Kaiser i Lemmer, którym mimo stosowanych szykan i represji udało się rozbudować partię. W wyborach do landtagów jesienią 1946 uzyskała ona 23% głosów w całej sowieckiej strefie okupacyjnej, zajmując trzecie miejsce po SED i LDPD. thumb|left|XI Zjazd CDU w Erfurcie w 1964 Podczas II zjazdu CDU w Berlinie 6 września 1947 Kaiser opowiedział się przeciwko rosnącej dominacji SPD i KPD, zaznaczając, że do chadecji należy rola „falochronu przed dogmatycznym marksizmem i jego totalistycznymi tendencjami”. Wystąpienie skutkowało usunięciem zarządu w grudniu 1947. Czystka skierowana przeciwko osobom o przekonaniach demokratycznych (według SED „nacjonalistyczno-burżuazyjnych”) nastąpiła na przełomie 1949 i 1950, gdy z partii wykluczono m.in. prof. Hugo Hickmanna (przewodniczącego CDU w Saksonii). W związku z represjami liczba członków CDU spadła z 200 tys. w 1947 do 150 tys. w 1950. Członkowie partii byli aresztowani z powodów politycznych (w 1949: 61, w 1950: 118 osób). Co miesiąc na Zachód uciekało 20 (1949), a później (1950) 100 członków partii (w 1953 uciekło 700 w ciągu roku). Zagranicą znalazło się 10 z 14 członków pierwszego zarządu. Liczbę prześladowanych w kraju ocenia się na ponad 2 tys.