Pomimo graficznego podobieństwa do swoich poprzedników, gry w wersji 3D wykorzystują mapę ze zróżnicowanym ukształtowaniem terenu na wielu poziomach, które wpływa na odległość widzenia jednostek. Jednostki mogą teraz widzieć więcej dzięki widokowi z góry, ale również przyczaić się za drzewem lub skałą, aby przygotować zasadzkę lub ukryć się. Oprócz tej ewolucji, gra wprowadza również pewne innowacje, takie jak zdolność do wyłączania budynków w celu oszczędzania energii i przydzielanie misji do jednostek, bez konieczności późniejszej interwencji gracza.
Umocnienie się gatunku Równolegle z pojawieniem się gier RTS w 3D, tradycyjne gry z widokiem izometrycznym na stałe wpisują się w gatunek dzięki najpopularniejszym RTSom wszech czasów. Po rosnącym sukcesie Blizzard Entertainment wraz z dwoma pierwszymi Warcraftami, a następnie Diablo, studio wkracza w świat science fiction dzięki grze Starcraft (1998).
Następnie Ensemble Studios proponuje alternatywę dla Starcrafta – kontynuację swojego historycznego RTSa: Age of Empires II: The Age of Kings (1999).
W 2001 gra Empire Earth wyprodukowana przez studio Sierra Entertainment próbuje zająć miejsce Age of Empires II – historycznej strategii czasu rzeczywistego.
Westwood Studios kontynuuje swoje prace, publikując remake gry Dune II: Dune 2000 (1998).