Resztę wojny jako cywil zaangażował się w działalność zakonu kawalerów maltańskich. Kiedy po wojnie Austro-Węgry przestały istnieć, Michał i jego rodzina znaleźli się w złych warunkach materialnych.
31 lipca 1920 po kłótniach ze swoim najstarszym synem, który zawarł kontrowersyjne małżeństwo z amerykańską dziedziczką, Michał II zrzekł się pretensji do tronu Portugalii, na rzecz trzeciego syna Duarte Nuno, który wtedy miał 13 lat. Michał II zmarł w Seebenstein. Został pochowany w kościele klasztoru Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny (Mariä Himmelfahrt) w Bronnbach.
Odznaczenia Order Złotego Runa (1881, Austria) Order Świętego Huberta (Bawaria)
Małżeństwo i potomstwo 17 października 1877 w Ratyzbonie, Michał II ożenił się z siostrzenicą cesarzowej Sisi, księżniczką Elżbietą Marią Thurn und Taxis (1860-1881). Para miała troje dzieci: księcia Michała Bragança, księcia Viseu (1878-1923) ∞ Anita Stewart księcia Franciszka Józefa Bragança (1879-1919) księżniczkę Marię Teresę Bragança (1881-1945) ∞ książę Karol Ludwik Thurn und Taxis