w następnych wiekach przewagę uzyskało chrześcijaństwo w obrządku greckim.
Średniowiecze
thumb|200px|Skanderbeg – bohater narodowy Albanii Od IX w. o ziemie albańskie rywalizowały ze słabnącym cesarstwem bizantyjskim Bułgaria, Wenecja, Andegaweni sycylijscy i Serbia. Na przełomie XII i XIII w. istniało pierwsze księstwo albańskie, Arberia, ze stolicą w Kruji. W latach 30. XV w. Turcy podbili niemal całą Albanię. W 1443 wybuchło antytureckie powstanie pod wodzą Skanderbega, któremu udało się utworzyć niezależne państwo; około 1479 Albanię ponownie zajęli Turcy (bez górskich enklaw na północy i południu); podzielona na 6 sandżaków Albania stała się częścią wilajatu Rumelii. Feudałowie albańscy w większości przyjęli islam, zachowując majątki i przywileje. Status religii dominującej osiągnął islam.
XVIII-XIX w. Na przełomie XVIII i XIX w. południową Albanię, część Grecji i Macedonii skupił pod swym panowaniem Ali Pasza z Tepeleny. W XIX w. rozwinął się ruch wyzwoleńczy, dochodziło do walk zbrojnych. W 1878 utworzono w Prizrenie Ligę Albańską, która dążyła do autonomii kraju.