Alfons został wciągnięty w lokalne konflikty polityczne Toledo oraz zmuszony do zmierzenia się z nieznanymi mu problemami, jak obstawianie garnizonów pomniejszych twierdz muzułmańskich, które przeszły w jego ręce wraz z miastem, czy mianowaniem biskupa. Rola króla chrześcijańskiego, teraz zarządzającego subtelnymi, miejskimi, muzułmańskimi poddanymi, została więc gruntownie zrewidowana.
W 1097 w nabrzeżnej prowincji atlantyckiej zostało utworzone hrabstwo Portucale ze stolicą w Porto, które w 1139 r. oddzieliło się jako niepodległe Królestwo Portugalii. Królestwo Leónu-Kastylii zostało ponownie rozdzielone w 1157, po śmierci Alfonsa VII między jego dwóch synów. Królem Leónu i Galicji został Ferdynand II, a królem Kastylii Sancho III. Oba królestwa zostały ponownie zjednoczone w 1230 przez Ferdynanda III Świętego po wygaśnięciu linii kastylijskiej. W 1217 r., będąc następcą tronu Leónu Ferdynand objął tron Kastylii, a po śmierci ojca, Alfonsa IX został też królem Leónu. Pomimo że królowie Kastylii dalej uznawali tytuł króla Leónu jako swój tytuł nadrzędny i używali lwa w swoich sztandarach, historia Leónu po 1230 jest już historią królestwa Kastylii.