4 kwietnia 1823 r. Gołuchowski zapisał w swym Dzienniku: Odebrałem dziś na koniec od Uniw. Wileńskiego urzędowe doniesienie o mojej nominacyi na profesora filozofii. W tej sytuacji postanowił nie skorzystać z propozycji Schellinga i 9 maja udał się do Wilna, odwiedzając po drodze Puławy (siedziba Czartoryskich). 27 października, z pewnym opóźnieniem spowodowanym chorobą, przedstawił wykład inauguracyjny O zadaniu filozofii.
Wykłady młodego profesora cieszyły się olbrzymią popularnością i przyciągały szerokie rzesze wileńskiej inteligencji; uczęszczały na nie także miejscowe damy, m.in. księżna Czetwertyńska. Gołuchowski zyskał sobie opinię doskonałego mówcy. Jak napisze po latach Adolf Hennel, który przeprowadził rozmowy z ówczesnymi studentami: żaden z profesorów większego uroku i wpływu od J. Gołuchowskiego nie wywierał.
Aura uznania otaczająca nowego profesora wzbudziła podejrzenia władz rosyjskich. Zażądały one, by wykłady z filozofii odbywały się jedynie dla studentów;