W 1999 wraz ze zmianą ustroju szkolnego przy Liceum im. Stefana Batorego utworzono gimnazjum (Gimnazjum Nr 33 im. Stefana Batorego). Obie szkoły nazwano wtedy Zespół Szkół Nr 6 Gminy Centrum m.st. Warszawy. W 2004 miasto zmieniło nazwę zespołu na Zespół Szkół Nr 66 m.st. Warszawy. Mimo istnienia tych nazw zazwyczaj używana była przedwojenna nazwa szkoły – Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego.
W 2006 zmieniono nazwy szkół: Gimnazjum Nr 33 im. Stefana Batorego z oddziałami dwujęzycznymi oraz II Liceum Ogólnokształcące im. Stefana Batorego z oddziałami dwujęzycznymi. Nazwa Zespołu Szkół nie uległa zmianie.
W 2010 budynek szkoły, dwie oficyny oraz ogrodzenie z bramą wjazdową zostały wpisane do rejestru zabytków.
W 2017 w związku z reformą systemu oświaty zlikwidowano gimnazjum, a szkoła nosi nazwę II Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Stefana Batorego. W roku szkolnym 2018/2019 zakończono kształcenie w wygaszanym gimnazjum.
Przy szkole działają: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego (od 1984) oraz Fundacja Społeczności Liceum Batorego (od 2017).
Od początku w szkole działa harcerstwo, chór szkolny, prowadzona jest biblioteka szkolna, a od 2003 działa muzeum szkolne.
Od 2005 w szkole jest realizowany program IB.