W dwa lata później, w odpowiedzi na apel patriarchy serbskiego Pawła, postanowił wystąpić z niekanonicznego Macedońskiego Kościoła Prawosławnego i przejść razem z całą podległą mu metropolią pod jurysdykcję Serbskiego Kościoła Prawosławnego. 22 czerwca 2002 został formalnie przyjęty pod tę jurysdykcję. Niemal natychmiast został z tego powodu usunięty przez policję macedońską (wobec wsparcia rządowego dla Macedońskiego Kościoła Prawosławnego) z zajmowanych przez siebie obiektów przynależnych metropolicie, obiektem represji stali się również wierni mu duchowni. 23 września 2002 otrzymał godność egzarchy nowo powołanego Arcybiskupstwa Ochrydzkiego, w grudniu tego samego roku został wybrany przewodniczącym Świętego Synodu biskupów tej struktury.
W 2005, w czasie przekraczania granicy grecko-macedońskiej, został zatrzymany przez policję i oskarżony o sianie nienawiści na tle etnicznym, rasowym i religijnym, czego dowodem miała być nieprzychylna wobec Macedońskiego Kościoła Prawosławnego publikacja w kalendarzu cerkiewnym oraz sam fakt objęcia przez niego funkcji zwierzchnika struktury kościelnej nieuznawanej przez władze. W jego sprawie zapadł wyrok 18 miesięcy pozbawienia wolności, skrócony przez Sąd Najwyższy do ośmiuWyrok Sądu Najwyższego.