Panionios GSS Lienen szukał przez pewien czas klubu i ostatecznie odnalazł go w greckiej Super Lidze, a konkretnie w Panioniosie. Sezon 2006–2007 był sukcesem ateńskiego klubu, zakończony na piątym miejscu, które gwarantowało start w Pucharze UEFA. Niemiec otrzymał wyróżnienie dla najlepszego trenera ekstraklasy Grecji. Następny sezon był równie udany, ponownie zakończony na tej samej pozycji w lidze. Tym razem nie udało się jednak wywalczyć kwalifikacji do europejskich pucharów, które zostały przegrane w play-offach. 11 listopada ostatecznie rozstał się z klubem, który podjął decyzję o wyrzuceniu z pracy jego i jego asystenta, Abdera Ramdane ze względu na scysję z napastnikiem Lambrosem Chutosem. Panionios miał dość przeciętny start rozgrywek, a w międzyczasie relacje na linii trener-zawodnicy uległy znacznemu ochłodzeniu, co spowodowało szybkie działanie zarządu. Doszło również do nieprzyjemnego incydentu z pseudokibicami klubu na czele. Lienen został trafiony kamieniem przez sympatyka PAOK-u Saloniki, który wraz z innymi obrzucił autokar stołecznego zespołu po wygranym 3:1 meczu nad ateńczykami w listopadzie 2007 roku.