Najczęściej stosowaną bronią były pociski przeciwokrętowe Mitsubishi ASM-1 i nowsze ASM-2, porównywalne do francuskich Exocet i amerykańskich AGM-84 Harpoon. Ponadto, samolot przenosił kierowane termalnie rakiety krótkiego zasięgu (głównie AIM-9 Sidewinder). Rakiety te podczepiane były zwykle do węzłów na końcach skrzydeł, lecz gdy głównym celem misji była obrona powietrzna, można je było również zamocować do pozostałych zaczepów, w innych wypadkach zajętych przez pociski przeciwokrętowe i zbiorniki z paliwem.
Ponadto Mitsubishi F-1 przenosiły rakiety powietrze-ziemia JLAU-3/A o kalibrze 70 mm, jak również 227 lub 340-kilogramowe bomby lotnicze – odpowiednio: M82 i M117. Bomby te mogły być precyzyjnie naprowadzane laserowo lub na podczerwień i precyzyjnie likwidować statki i cele naziemne. Wyposażone w nie bomby zostały w Japonii oznaczone jako GCS-1.
Od roku 2000. Mitsubishi F-1 były stopniowo zastępowane przez nowoczesne myśliwce Mitsubishi F-2 (stworzone we współpracy z Lockheed-Martin), oraz gruntownie zmodernizowane F-4EJ "Kai" Phantom II. Wszystkie skrzydła taktyczne Japońskich Powietrznych Sił Samoobrony zostały przezbrojone właśnie na F-2, zaś jedno, stacjonujące w bazie w Tsuiki (prefektura Fukuoka) na F-4EJ.