Piotra pochodzący z tamtych czasów, zniszczony wprawdzie podczas wielkiego pożaru Hamburga w 1842, ale pieczołowicie odbudowany według dawnych sztychów).
Nowa, solidniejsza budowla przetrwała aż do połowy XIX w., jakkolwiek przeszła wiele przeobrażeń w tym czasie; musiała też sprostać wielu gwałtownym pożarom, których los nie szczędził jej na przestrzeni dziejów – w 1589 spłonęła, wzniesiona w 1517, wysoka na 153 m barokowa wieża. Odbudowana na nowo, runęła w wyniku gwałtownej burzy w 1644. Kolejna wieża, zaprojektowana przez Petera Marquardta, mierzyła 122 m i trwale wpisała się w pejzaż architektoniczny miasta na kolejne 200 lat.
Jako centralny punkt czterech hamburskich wspólnot parafialnych był kościół św. Mikołaja wmieszany w ożywione dysputy teologiczne tamtych czasów, które rozprzestrzeniały się w mieście – był to wszak czas rodzącej się reformacji. Po ustąpieniu w 1524 dotychczasowego proboszcza Henninga Kissenbrügge mieszczanie wybrali na nowego proboszcza, wbrew stanowisku Rady miasta, znanego kaznodzieję Johannesa Bugenhagena, zwolennika reform, zaufanego Marcina Lutra – było to wydarzenie bez precedensu w dotychczasowych dziejach miasta. Konserwatywna Rada Miasta próbowała nakłonić dotychczasowego proboszcza do pozostania, a gdy to się nie powiodło, wybrała na to stanowisko Johanna Zegenhagena z Magdeburga.