Wskaźniki zanieczyszczenia dopuszczalne w danej klasie miały się mieścić w określonych rozporządzeniem przedziałach. W roku 1991 zrezygnowano z odgórnego wyznaczania klas czystości wody, a pojęcie to zaczęło oznaczać stan faktyczny, wyznaczony na podstawie monitoringu. Kryteria pozostały podobne, jednak zwrot „przeznaczone do” zastąpiono zwrotem „nadające się do”. Od tego momentu klasy czystości wód ustalane były na podstawie wyników monitoringu stanu czystości rzek i jezior. Ocenę jakości przygotowuje się na podstawie wskaźników fizyczno-chemicznych i biologicznych. Klasyfikacji wód dokonuje się poprzez porównanie miarodajnych stężeń zanieczyszczeń określonych wskaźnikami, z normatywnymi stężeniami zanieczyszczeń określonymi w rozporządzeniach rządu lub ministra odpowiedniego do spraw ochrony środowiska.
Do roku 2004 obowiązywała czterostopniowa skala: wody I, II, III klasy oraz NON – pozaklasowe. Od roku 2005 zaś w raportach WIOŚ posługują się skalą pięciostopniową.