Wskaźniki jakości wód – wskaźniki określające stan jakościowy wód, tj. ilość i rodzaje zawartych w wodzie zanieczyszczeń oraz kondycję biocenoz wodnych.
Wyróżnia się wskaźniki: biologiczne, fizyczne, chemiczne. Zgodnie z Ramową Dyrektywą Wodną wskaźniki biologiczne stosowane są do szczegółowego określania stanu ekologicznego wód powierzchniowych, podczas gdy pozostałe wskaźniki (fizyczno-chemiczne, hydromorfologiczne) mają wartość pomocniczą. Przy ustalaniu stanu chemicznego lub sanitarnego brane pod uwagę są nieco inne grupy wskaźników.
Wskaźniki biologiczne Wskaźniki biologiczne stosowane w monitoringu wód dawniej stosowane były przede wszystkim do określania warunków sanitarnych – np. miano Coli, wskaźnik saprobowości, indeks saprobów, BZT. Dla celów naukowych (np. paleoekologicznych) naukowcy opracowali liczne wskaźniki trofii, odczynu, zasolenia i in., np.