W latach 1804–1807 kościół św. Piotra służył, podobnie jak wiele innych kościołów, jako stajnia oddziałom napoleońskim. Kościół św. Piotra spłonął w 1842 w wielkim pożarze Hamburga. Większość dzieł sztuki, w tym słynną kołatkę do drzwi w kształcie głowy lwa udało się jednak uratować. Natychmiast po pożarze postanowiono odbudować kościół według pierwotnych, średniowiecznych planów. Zadania tego podjęli się architekci Alexis de Chateauneuf i Hermann Peter Fersenfeldt. Kościół odbudowano w latach 1844-1949 natomiast wieżę w latach 1866-1878; jej hełm, pokryty miedzianą blachą, zaprojektował Johann Maack.
W pierwszej połowie XX wieku parafia kościoła św. Piotra straciła wielu członków ponieważ zdecydowano się wyburzyć część zabudowy mieszkaniowej, aby zrobić miejsce pod domy towarowe i biurowce.
Kościół przetrwał okres drugiej wojny światowej zasadniczo bez większych uszkodzeń. W 1962, podczas budowy w pobliżu kościoła centrum parafialnego odkryto fundamenty średniowiecznej tzw. wieży biskupiej.
W 1979 kościół był okupowany przez protestujących przeciwników energii atomowej;