Na przełomie XX i XXI wieku klub miał problemy finansowe. W sezonie 2003/04 zespół wygrał w Klasie B grupa Świdnica II, a w sezonie 2004/05 zdobył 2. miejsce w grupie Wałbrzych II Klasy A. Tak jak inny świdnicki klub Sparta Świdnica (założony w 1995) grał w grupie dolnośląskiej IV ligi, Polonia postanowiła awansować w klasie drogą fuzji z nim. 1 lipca 2005 doszło do połączenia sekcji piłkarskiej MKS Polonia z KP Sparta Świdnica. Na początku MKS Polonia/Sparta Świdnica występował w IV lidze, grupie dolnośląskiej. W sezonie 2007/08 zdobył mistrzostwo IV ligi dolnośląskiej, gdzie zdecydowanie przewodził w ligowej tabeli z przewagą 10 punktów nad Śląskiem II Wrocław i był na dobrej drodze do wywalczenia awansu do II ligi (III poziom). W dwumeczu barażowym spotkał się ze zwycięzcą IV ligi lubuskiej Czarnymi Żagań niestety przegrywając dwukrotnie 2:3 i 1:2. W sezonie 2008/09 klub zajął drugie miejsce w III lidze, grupie dolnośląsko-lubuskiej i otrzymał ponownie szansę awansu do II ligi, jednak w dwumeczu barażowym nie pokonał drugoligowego klubu Zagłębie Sosnowiec, remisując u siebie 0:0 i przegrywając 0:1 na wyjeździe.