W 1926 jedynie 4 załogi 21 eskadry wzięły udział w ćwiczeniach na Podhalu operując z lotniska w Nowym Targu. W tym też roku do eskadry przybyli nowi obserwatorzy – absolwenci Oficerskiej Szkoły Obserwatorów Lotniczych. W 1927 program zajęć eskadry był już ściśle realizowany, tym bardziej że minęły już kłopoty z brakiem samolotów. Regularne dostawy ze składnicy w Dęblinie umożliwiły podjęcie ćwiczeń i doskonalenia zespołowego. Okres letni był kolejnym sprawdzianem umiejętności załóg i dowództwa eskadry biorącej udział w ćwiczeniach międzydywizyjnych oraz w koncentracji wielkich jednostek Dowództwa Okręgu Korpusu nr V. Załogi przez okres kilku tygodni przebywały na lotniskach Zawiercie, Stopnica i Ostrowiec Świętokrzyski. Pod koniec roku rozpoczęto wymianę samolotów Potez XV na Potez XXVII.
W 1928 ćwiczono loty grupowe i nocne, współpracę z jednostkami piechoty, artylerii i kawalerii. W 1929 przemianowano eskadry lotnicze na „liniowe” i zwiększono liczbę samolotów do 10 sztuk. Szkołę ognia artylerii odbywano startując z lotniska Tarnobrzeg. W efekcie sztab Grupy Artylerii ocenił eskadrę na ocenę „dobrą”. W połowie września eskadra powróciła do Krakowa.