Od wiosny 1939 udostępniono, w ramach specjalnego szkolenia personelu latającego, ściśle tajne albumy z sylwetkami i opisem samolotów Luftwaffe. Personel eskadry zaangażowano do pracy przy doprowadzeniu samolotów i sprzętu do pełnej sprawności. 24 marca ogłoszono mobilizację. Po wykonaniu wszystkich czynności mobilizacyjnych, w nocy 26 sierpnia 1939 odjechał transportem kolejowym rzut kołowy eskadry wraz z nadwyżką personelu latającego. Załogi wraz z samolotami i niezbędną obsługą techniczną pozostawały nadal na macierzystym lotnisku.
31 sierpnia rzut powietrzny, 10 „Karasi”, 1 Fokker VII/3 m oraz 1 RWD-8, przegrupował się na lotnisko Nosów. W tym też czasie 65 eskadra liniowa została przemianowane na „eskadrę bombową”.
Działania eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej eskadra walczyła w składzie VI dywizjonu Brygady Bombowej.