Wsłuchując się w jej wolę, Jedi coraz intensywniej angażowali się w życie społeczne galaktyki, stając się z czasem Strażnikami Pokoju i Sprawiedliwości i pomagając w budowie galaktycznej cywilizacji.
Na kilka tysięcy lat przed Mrocznym Widmem miała w Zakonie miejsce Wielka Schizma. W jej wyniku część zaprzedanych ciemnej stronie Jedi odłączyła się od zakonu i przejęła władzę nad Imperium Sithów, dając początek stronnictwu Sithów.
Po dojściu do władzy Imperatora Palpatine’a w roku 19 BBY Jedi niemal wyginęli z powodu urządzonego przez niego programu systematycznej eksterminacji wszystkich członków Zakonu, stanowiących zagrożenie dla jego imperium terroru. Kluczowym elementem planu Palpatine’a był Darth Vader – upadły Rycerz Jedi, znany niegdyś jako Anakin Skywalker.
Jednymi z nielicznych, którzy przeżyli, byli Obi-Wan Kenobi, Quinlan Vos oraz Yoda. Za sprawą Luke’a Skywalkera, syna Anakina Skywalkera, zakon odrodził się, a następnie rozwinął w formie nieco odmiennej od znanej z czasów schyłku Starej Republiki.