Po powrocie z ćwiczeń personel eskadry odbył kurs obsługi i eksploatacji samolotu PZL-23 „Karaś”.
W marcu 1938 eskadra w składzie dywizjonu odleciała na lotnisko Lida i w dniu 20 marca uczestniczyła w masowym przelocie 108 samolotów typu „Karaś" wzdłuż granicy polsko-litewskiej. W lecie z uwagi na zaistniałą sytuację polityczną personel eskadry przebywał na lotnisku.
Działania 41 eskadry rozpoznawczej w 1939 W 1939 nastąpił wzrost napięcia międzynarodowego w stosunkach polsko-niemieckich. W 41 eskadrze trwał gruntowny przegląd techniczny samolotów i taboru samochodowego. Od marca sukcesywnie wcielano do jednostki przybywających rezerwistów. W czerwcu przydzielono eskadrze 6 absolwentów Szkoły Podchorążych Lotnictwa w Dęblinie i 2 podchorążych rezerwy.
Mobilizacja eskadry W dniach 24-26 sierpnia 1939 przeprowadzono w 4 pułku lotniczym mobilizację. Eskadra została przemianowana na „rozpoznawczą”. 27 sierpnia rzut kołowy eskadry odjechał transportem kolejowym na lotnisko polowe. 31 sierpnia, eskadra otrzymała rozkaz odlotu na lotnisko Mokotów. Ze względu na trudne warunki atmosferyczne, dowódca pułku płk pil. Bolesław Stachoń dał sygnał do startu dopiero 1 września o 7.00. 8 samolotów „Karaś” i 1 RWD–8 wystartowało do Warszawy mimo utrzymującej się mgły i deszczu.