„Wypadki majowe” uniemożliwiły jednak udział w ćwiczeniach jednostek wojsk lądowych. Eskadra uzupełniała stany osobowe absolwentami Oficerskiej Szkoły Lotnictwa w Grudziądzu (obserwatorzy) i Centralnej Szkoły Podoficerów Pilotów w Bydgoszczy. Po zakończeniu szkoły ognia w 1928, w sierpniu, cześć eskadry odleciała na ćwiczenia z 15 Dywizją Piechoty.
Reorganizacja lotnictwa w 1929 skutkowała powiększeniem etatu samolotów z 6 do 10 sztuk, a także przemianowaniem jednostki na 42 eskadrę liniową. W szkole ognia wziął udział tylko klucz por. pil. Jerzego Marszyckiego. Drugi klucz dowodzony przez por. pil. Edmunda Surmasiewicza został przydzielony do „eskadry manewrowej”, zorganizowanej przez 4 pułk lotniczy na czas ćwiczeń letnich na Pomorzu. „Klucz manewrowy” operował z lotniska Lubiejewo. W lipcu 1930 na poligonie toruńskim, ppor. obs. Walenty Azarewicz prowadził dla słuchaczy Wyższej Szkoły Wojennej, pokazową współpracę lotnictwa z artylerią. Latem załogi uczestniczyły w ćwiczeniach Brygady Kawalerii „Toruń”. W styczniu 1931 piloci eskadry zostali przeszkoleni w nocnym pilotażu na kursie zorganizowanym przy eskadrze treningowej 4 pułku lotniczego. Także w tym roku rozpoczęto stopniowe wycofywanie samolotów Potez XXVII z eskadr liniowych. W ich miejsce dostarczano samoloty Breguet XIX.