Jana Szerudę, który pełnić miał obowiązki biskupa do czasu zwołania pierwszego po wojnie Synodu Kościoła. Władze państwowe nie zgodziły się jednak na jego wybór. Synod wybrał więc w 1951 roku na to stanowisko ks. Karola Kotulę. W 1952 roku Synod wybrał biskupa-adiunkta, który miał pomagać biskupowi w pełnieniu obowiązków; został nim ks. Zygmunt Michelis. Biskup Kotula przeszedł na emeryturę w 1959 roku, Synod wybrał nowego Biskupa ks. Andrzeja Wantułę. W 1975 roku bp Andrzej Wantuła przeszedł w stan spoczynku, zastąpił go ks. Janusz Narzyński. Brał on udział w Obradach Okrągłego Stołu jako jeden z trzech (obok ks. Bronisława Dembowskiego i ks. Alojzego Orszulika) obserwatorów kościelnych. Po przejściu na emeryturę bpa Narzyńskiego, Synod dokonał wyboru ks. Jana Szarka na stanowisko Biskupa Kościoła, w związku ze zmianami przepisów kościelnych był on pierwszym wybranym na 10-letnią kadencję biskupem (jego poprzednicy pełnili tę funkcję do czasu przejścia na emeryturę). W 2000 roku Synod Kościoła wybrał ks. Janusza Jaguckiego na nowego Biskupa Kościoła. W 2009 roku w trakcje wiosennej sesji Synodu Kościoła poinformowano o ustaleniach Komisji Historycznej, zgodnie z którymi uznano ks. bp Janusza Jaguckiego tajnym i świadomym współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa, złożył on wniosek o wotum zaufania, którego nie otrzymał.