Peucer zajmował się porządkowaniem i zabezpieczeniem spuścizny po zmarłym Melanchtonie. Opublikował różne listy i przemowy Melanchtona. Dokończył zaczęte przez niego Chronicon Carionis oraz teologiczne rozważania dotyczące obrządku mszalnego w Corpus Doctrinae Philippicum. W toku dysput religijnych Peucer stał się przywódcą tzw. melanchtonistów. Przeciwnikami tej grupy byli gnezjoluteranie (niem. Gnesiolutheraner).
Od 1563 r. Peucer utrzymywał regularne kontakty z dworem saskim. W efekcie w 1566 r. otrzymał dziedziczny tytuł szlachecki od Maximiliana II Habsburga. Od 1570 r. był osobistym lekarzem elektora Augusta Wettyna. Oprócz tego w 1571 r. dostał zatrudnienie w urzędzie patentowym u księcia Adolfa.
Jeszcze w 1571 r. Peucer przyczynił się do opracowania i publikacji nowego katechizmu na wydziale teologicznym uniwersytetu w Wittenberdze. Jako kościelny i polityczny przywódca melanchtonistów był atakowany przez ortodoksyjnych luteranów, którzy uważali go za krypto-kalwinistę. W związku z wydarzeniami nocy św. Bartłomieja w 1572 r. Saksonia zmieniła swoją politykę wobec kalwinistów, którzy zostali uznani za wrogów publicznych. Ponieważ Peucer obstawał przy swoich poglądach, w 1574 r., wraz z rodziną, został zamknięty w więziennej wieży w Rochlitz.