Rozczarowany Takauji w 1336 roku wystąpił zbrojnie przeciwko cesarzowi i zmusił go do ucieczki. Na tronie osadził lojalnego wobec siebie władcę – Kōmyō. Go-Daigo schronił się w Yoshino, około 80 km na południe od Kioto, gdzie założył własny dwór, zwany Dworem Południowym. Przez następne 56 lat w Japonii trwał ostry konflikt między zwalczającymi się frakcjami dworskimi. W czasie tych walk Takauji umocnił swoją pozycję w Kioto i w końcu w 1338 roku sięgnął po upragniony tytuł sioguna. Bezwzględny w swych działaniach politycznych, w 1352 roku rozkazał otruć swojego brata Tadayoshiego, a swoją polityką przyczyniał się do utrzymywania w kraju stanu ciągłej wojny domowej.
Poza polityką Takauji Ashikaga był okrutnym wojownikiem i bezwzględnym wodzem. Jednocześnie jednak był utalentowanym buddyjskim poetą i opiekunem wielkiego mnicha buddyzmu zen Musō Soseki. Zlecił też opracowanie Kemmu shikimoku – kodeksu regulującego zasady postępowania warstwy samurajskiej.
Ery bakufu Takaujiego Ery dworu południowego Engen (1336-1340) Kōkoku