W sytuacji przeciągającego się kryzysu władzy, inicjatywę przejęło wojsko. 27 stycznia 1996 oficer Ibrahim Baré Maïnassara dokonał w kraju wojskowego zamachu stanu. Mahamadou Issoufou, razem z prezydentem Ousmane i premierem Amadou, został umieszczony w areszcie domowym do 24 kwietnia 1996. W lutym, wspólnie z nimi, wystąpił z nakazu nowych władz w telewizyjnym orędziu, oświadczając że powodem zamachu było wadliwe funkcjonowanie systemu politycznego i nawołując do zmian w prawie.
Wybory 1996 Po dokonaniu zamachu stanu, władzę w Nigrze przejęła junta, która zakazała działalności partii politycznych i zawiesiła konstytucję. Wiosną 1996 uchwaliła nowa ustawę zasadniczą i ogłosiła nowe wybory prezydenckie . W wyborach prezydenckich z 7–8 lipca Issoufou zajął czwarte miejsce, zdobywając 7,6% głosów. Wybory wygrał Ibrahim Baré Maïnassara z wynikiem 52,22% głosów. Zdaniem obserwatorów wybory były formalnością i zostały sfałszowane. Od 26 lipca do 12 sierpnia 1996 Issoufou był przetrzymywany w areszcie domowym.