W ten sposób powstał zespół pałacowo-muzealnyPaulina Chełmecka, Muzeum Czartoryskich: historia, ludzie, zbiory, [w:] Muzeum Narodowe w Krakowie. Muzeum Książąt Czartoryskich, red. K. Płonka-Bałus, N. Koziara, Kraków 2019, s. 28-29..
Po wybuchu II wojny światowej najcenniejsza część zbiorów została ewakuowana i ukryta w pałacu w Sieniawie. 16 lub 17 września Niemcy dowiedzieli się o kryjówce i rozpoczęli grabież. Rozbili skrzynie i wyrzucili na ziemię schowane w nich dzieła sztuki. Wówczas bezpowrotnie przepadły 64 obiekty ze Szkatuły Królewskiej, 156 obiektów złotnictwa starożytnego, 104 obiekty złotnictwa nowożytnego oraz 375 złotych monetMarek Rostworowski (red.); Zdzisław Żygulski (wstęp), Muzeum Narodowe w Krakowie, Zbiory Czartoryskich: historia i wybór zabytków, Warszawa, Arkady, 1978, s. 36-37. Przez całą niemiecką okupację Krakowa grabież była kontynuowana. Po wojnie dzięki staraniom Polski Ludowej większość eksponatów odzyskano. Jednak do zaginionych należy m.in. obraz Portret młodzieńca, przypisywany Rafaelowi. W 1950 roku Muzeum Czartoryskich zostało włączone do krakowskiego Muzeum Narodowego jako jeden z jego oddziałów. Ze względu na brak podstaw prawnych do przejęcia ruchomego majątku Czartoryskich, nie dokonano formalnej nacjonalizacji zasobów i status własnościowy kolekcji i budynków pozostał nieuregulowany.
Fundacja XX. Czartoryskich