W 1301 roku Nowe otrzymało pierwszy przywilej miejski. W początkach XIV wieku wraz z pozostałą częścią Pomorza Gdańskiego miejscowość znalazła się pod władzą zakonu krzyżackiego. W 1336 roku wzmiankowane były jeszcze drewniane umocnienia miasta, natomiast po odnowieniu przywileju lokacyjnego w 1350 roku rozpoczęto rozbudowę murowanego systemu obronnego.
Zasadniczy murowany zamek powstał około połowy XIV wieku. Jego budowa była związana z organizacją nowego systemu fortyfikacji miejskich. Rezydował w nim niższy urzędnik zakonny odpowiedzialny za zarządzanie okręgiem nowskim.
Prace przy zamku prowadzono etapami przez drugą połowę XIV i początek XV wieku. Około 1404 roku reprezentacyjne pomieszczenia pierwszego piętra głównego domu otrzymały dekorację malarską, co świadczy o podnoszeniu standardu niewielkiej siedziby administracyjnej.
Wojna trzynastoletnia Podczas wojny trzynastoletniej Nowe było jednym z ważnych punktów oporu zakonu nad dolną Wisłą. W końcowej fazie konfliktu miasto i zamek znajdowały się w rękach krzyżackich i wraz z Gniewem stanowiły zaplecze dla działań prowadzonych w tej części Pomorza.
Pod koniec lipca 1464 roku wojska królewskie rozpoczęły długotrwałe oblężenie Nowego.